崇祯十三年，腰窝镇张家酒坊酿制的三和酒名扬天下，武林中盛传三和酒酿制的秘方中隐含着一套高深的武林绝学，谁要是能得到、并练就绝世武功，就可称霸江湖。一时间，江湖高手云集腰窝镇伺机而动，一个小小的腰窝镇顿时波谲云诡杀机四伏，一场正义与邪恶、自私与舍生的较量，像云一样在江湖中漫卷开来。
张家酒坊老掌柜的遇害，是腰窝镇波谲云诡的开端。张老掌柜遇害那天，张家酒坊来了一个穿官靴的秃头男人，秃头男人见到张老掌柜，自称是岭南尹海山之子尹嘉川。尹海山与张老掌柜是师兄弟，尹嘉川此行是受父亲临终遗嘱，前来拜见师叔，同时取先师交予张老掌柜保管的另一半秘笈。
秘笈刻于金牌之上，是四句藏头隐诗，秘笈的藏匿之处就在四句隐诗隐指的地方，只有将两块金牌合二为一，才能知道秘笈藏匿之地。张老掌柜尊先师遗嘱，没有将金牌交予野心勃勃的尹嘉川，却为自己找来杀身之祸。到底谁是杀害张老掌柜的凶手？张家酒坊少掌柜张玉龙回来的时候，祁管家是凶手就是尹嘉川，因为当时只有尹嘉川来过。
张玉龙重孝在身，知府大人赵福仁对于张玉龙缉拿凶手的恳求，以一介书生为由表示无能无力。官府不管，张玉龙决议查出凶手，为父亲报仇。当夜，腰窝镇外名义上以药材生意为生的张仲臣的爱女张馨儿潜入张家酒坊，偷饮张家佳酿时被张玉龙发现。两厢交手，张玉龙和张馨儿不打不相识，从此成为朋友。
张玉龙找尹嘉川报仇，张馨儿做见证，尹嘉川拜在张玉龙的剑下，尹嘉川说出面见师叔当天的情形，告诉张玉龙他自己绝非杀害师叔的凶手。就算尹嘉川不是杀父仇人，张玉龙也不想留心存邪念的尹嘉川一条生路。张玉龙回到府邸，细细回忆这些天来腰窝镇发生的事情。在家奴的提醒下，张玉龙推断出杀害家父的仇人应该祁管家。
张玉龙的推断一点没错，祁管家受控于知府大人赵福仁，在尹嘉川来都张家酒坊那天无意中得到秘笈，同时飞镖夺去张老掌柜的性命，此时另一块刻有秘笈的金牌就在知府赵福仁手中。凭着张玉龙的聪慧，早已发现四句藏头诗所指。在南山酒窖，张玉龙找到秘笈所在，练就绝世武功，铲除知府赵福仁，带着张馨儿远走天涯。
观众对《秘笈追踪》的评价两极分化，一方面认为剧情离谱、演员表现惊艳，另一方面认为编剧粗制滥造、剧情不合理。
该片以其深刻的战争描绘和人性的探讨赢得了观众的广泛赞誉。剧中的视觉效果和演员的精湛表演让人深刻体会影片的精彩之处。
它是一部值得一看的电影，通过其故事和表现手法，让观众反思剧内向观众表达的意义和人性的复杂！
这是一部非常特别的影片，没有大开大合的剧情，没有博人眼球的类型元素，没有贯穿到底的故事脉络。像是一杯温开水，看似平淡，却喝起来十分解渴。
说真的，《秘笈追踪》看完后我真的是久久不能平静！因为这部影片确实带给人的震撼太大了！不论是剧情节奏，还是剧情尺度，都让人不敢相信这是大陆剧的水平。
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